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TUhjnbcbe - 2021/8/1 16:12:00
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近日,中国科学院北京生命科学研究院研究员孙中生团医院合作,在BriefingsinBioinformatics上,发表了题为AnewapproachtodecodeDNAmethylomeandgenomicvariantssimultaneouslyfromdoublestrandbisulfitesequencing的最新研究成果。该研究开发出可以同时精准分析全基因组DNA甲基化、半甲基化与遗传突变的新方法,为从遗传和表观遗传角度解析疾病及生命现象的发生发展过程提供了一个有效且可靠的工具。

遗传及表观遗传变异能够交互作用,在疾病及生命现象的发生发展过程中发挥重要作用。DNA甲基化作为一种主要的表观遗传修饰形式,具有抑制转座子活性、控制基因组印迹及调控基因表达等多种生物学功能。全基因组亚硫酸盐测序利用亚硫酸盐反转所导致的CT转变来定量单个位点的甲基化水平,是检测DNA甲基化组的经典方法。基于此,一些研究开发了从亚硫酸盐测序数据中识别单核苷酸突变的软件。然而,因为CT突变是群体中最广泛存在的遗传变异(如人类dbSNP数据库中35%的单核苷酸变异是CT),所以这些软件并不能从现有的全基因组甲基化测序数据中准确识别CT突变,也无法解决亚硫酸盐翻转失败以及比对错误所造成的假阳性问题。群体中这些广泛存在的CT突变为此类位点甲基化水平的精确测量也带来了挑战。

针对现有全基因组DNA甲基化分析存在的缺点,孙中生团队在长期从事表观基因组新技术研发及应用的工作基础上,开发了一种有效且可靠的在全基因组中解析DNA甲基化和遗传变异的新方法——DSBS。该方法通过利用发夹状的接头将亚硫酸盐处理后的DNA两条链连接在一起,高通量测序后,通过生物信息分析流程(

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