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本班特色
开班以来受到往期学员高评，实用价值特别大。授课老师在Nature,NatureCellBiology等杂志发表10分以上文章10多篇。从零基础的开始，一半理论一半实战。不用担心学不会，课前给您视频预习，现场授课互动并录屏，课后给您回放复习，以后本人本班还可免费复听，确保您学会。更好的后续服务，以后有咨询的可以在群里直接问老师，本群长期有效不解散。
本班口碑效果
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课程目标
单细胞课程：1、了解单细胞测序基本概念及原理2、了解单细胞测序分析的常用软件3、掌握单细胞测序数据的下载方法4、掌握单细胞测序数据的研究思路5、学会R语言基本语法和绘图技巧6、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图7、熟悉CNS杂志单细胞转录组文章思路8、熟悉零成本的单细胞相关课题设计思路9、获得全套全自动化分析单细胞数据的流程脚本10、单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。甲基化课程：DNA/RNA甲基化的研究内容、研究方向及课题思路，并通过培训使学员熟练的掌握甲基化相关课题的数据获得和分析过程，迅速成为表观遗传领域的主力*。
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课程讲师
来自中科院，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，发表Nature等四十多篇论文，目前承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。
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课程内容
第一天晚上
7:00-
10:30
单细胞测序技术与应用
1.单细胞组学技术发展历程和原理介绍
2.单细胞测序技术在科研领域的应用
3.近年单细胞技术CNS文章思路解析
4.单细胞文章常见图表解读
5.单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路
理论
第二天晚上
7:00-
10:30
Linux及R语言入门与实操
1.常规基础Linux命令入门讲解及实操训练
2.R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。
3.R语言语法介绍及常用命令
4.数据处理功能及统计应用
5.R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制
实操
第三天晚上
7:00-
10:30
单细胞转录组数据分析思路及流程
1.单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）
2.单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数
3.单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析
4.单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。
5.基因富集分析和可视化
理论
第四天晚上
7:00-
10:30
单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定
1.10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操
2.从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操
3.通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维
4.单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析
5.通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析
实操
第五天晚上
7:00-
10:30
单细胞数据轨迹分析，功能富集
单细胞基金写作
1.通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析
2.通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析
3.单细胞数据分析总结
4.归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路
5.单细胞测序基金申请思路
6.单细胞测序基金申请前期准备
7.单细胞测序基金申报常见问题分析与应对
8.如何撰写单细胞基金课题申请书
理论+
实操
第一天上午
8:30-
11:30
DNA甲基化调控机制、科研应用及研究思路
明确DNA甲基化的作用机制及调控机理。
了解DNA甲基化在疾病等各研究领域中的应用。
了解DNA甲基化与转录组等多组学整合分析思路。
通过高分文章对DNA甲基化研究思路进行解读。
掌握DNA甲基化研究的多种技术方法。
6.了解常用DNA甲基化及疾病挖掘数据库。
理论
第一天下午
1:30-
17:00
DNA甲基化芯片及测序数据分析
DNA甲基化芯片及测序分析常用软件介绍。
DNA甲基化芯片及测序数据分析策略。
DNA甲基化芯片及测序分析图表解读。
差异甲基化鉴定、注释及富集分析。
DNA甲基化芯片数据分析（ChAMP等软件）。
DNA甲基化测序数据分析（bismark，methylKit等软件）。
DNA甲基化与转录组数据整合分析。
利用公共甲基化数据完成整套甲基化分析流程。
实操
第一天晚上
18:00-21:00
RNA甲基化功能机制、研究策略及思路分析
RNA甲基化研究进展概述。
了解RNA甲基化的概念和修饰类型。
明确RNA甲基化对RNA加工代谢及生物学功能的调控机制。
了解RNA甲基化在疾病等领域中的研究应用。
通过高分文献思路示例及总结对RNA甲基化调控肿瘤等功能研究思路进行解析。
了解RNA甲基化常用的各种测序技术。
m6A甲基化的研究现状、思路和研究方法。
理论
第二天上午
8:30-
11:30
m6A甲基化数据分析
了解各种RNA甲基化修饰谱分析技术。
m6A测序技术流程介绍及测序报告解读。
m6A常见分析内容及相关软件介绍。
m6Apeak鉴定(R包exomePeak、MACS2)、peak差异分析(R包exomePeak)、motif分析（Homer、MEME）及peak分布（RMBase）等。
m6A修饰基因的功能富集分析（DAVID，Metascape、GSEA等）。
预测m6A甲基化位点在线工具介绍。
m6A常用数据库介绍及使用（MeT-DB，m6AVar，RMBase）
实操
第二天下午
1:30-
17:00
m6A甲基化多组学整合分析，课题设计与基金申请
1.m6A甲基化测序的项目延伸及思路拓展。
2.m6A甲基化与多组学数据（RNA-seq，Ribo-seq等）整合分析。
3.非编码RNA（miRNA及lncRNA等）的m6A甲基化分析。
4.通过TGGA、ICGC等数据库挖掘RNA甲基化癌症研究思路。
5.RNA甲基化研究策略与课题设计。
6.RNA甲基化研究经验交流。
7.RNA甲基化相关国自然课题的介绍。
8.DNA及RNA甲基化基金申请思路、准备内容及方案设计注意事项等。
9.讨论及个性化问题答疑。
理论+实操
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