前面我们的学徒作业：学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性，大家完成的不多，可能是甲基化芯片数据处理对大家来说不紧急也不必须吧。不过最近刷文献看到了，另外一个策略，可以做多分组的甲基化差异分析，而不是一对多的差异分析策略。
是一个Java软件可以做quantitativedifferentiallymethylatedregions(QDMRs)，发表在Feb8.doi:10./nar/gkr，是NucleicAcidsRes.杂志。
甲基化技术
主要是，甲基化测序的WGBS和RRBS，还有芯片：
**全基因组DNA甲基化测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing，WGBS）**是DNA甲基化研究的金标准，它通过Bisulfite处理和全基因组DNA测序结合的方式，对整个基因组上的甲基化情况进行分析，具有单碱基分辨率，可精确评估单个C碱基的甲基化水平，构建全基因组精细甲基化图谱。数据量非常大。
简化甲基化测序(Reducedrepresentationbisulfitesequencing,RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切(MspI)富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
Illumina的InfiniumBeadChip芯片，包括HumanMethyation（K）和MethylationEPIC（K）。Infinium芯片存在染料偏差、不同探针化学和位置效应的问题，已知这些问题会影响结果，必须在数据处理过程中进行校正。InfiniumK探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了,个探测器中的约,个探针（29％），将可用探针的数量减少到约,个。这个问题在新发布K仍然存在，其包括90％的K探针。
有文章比较这3个技术：Empirical
